丸（wán）劑在生產過程中原料（liào）藥帶菌是汙染的主要環節，應采取適當的方（fāng）法進行滅菌，常用方法（fǎ）有水洗法、氣體滅菌法、熱壓滅菌法等，滅菌不應破壞藥物的有效成分。
全自動水丸機等製丸（wán）工具、設備、生產（chǎn）環境及（jí）個（gè）人（rén）均應注意清潔衛生，以提高丸劑的質量。
丸劑幹燥時應注意經常翻（fān）動。以免幹濕摻（chān）半或爆裂，影響質量（liàng）。采取不同的方法。含芳香性（xìng）藥物或貴重藥物的丸劑。
水丸機製丸藥材研粉，有時不宜共研，如貴（guì）重類、粉末類及（jí）揮（huī）發性藥物應分別研細，再行稱準（zhǔn）混合，以防止與原定分量之差異。粘合劑與藥（yào）物細粉混合（hé）應按一定（dìng）比例進行。
全自動水丸機製丸時，粘合（hé）劑與藥（yào）粉混合應充分均勻，粘合劑溫度不宜過高，尤其組方中含有揮發性或遇熱易破壞有效成分的藥物時（shí），更（gèng）須（xū）注意，以免影響藥效。
丸劑貯存應（yīng）根據藥物性質。多用瓷製或玻（bō）璃製的容器貯（zhù）存，一般丸劑（jì）可用蠟（là）紙封存。應注意防潮、防黴（méi）、防蟲蛀。水丸、糊丸及濃縮丸均不宜久（jiǔ）貯（zhù）。
如果需要製造的的（de）藥丸中含有豐富的纖維，藥丸的表麵容易出現粗糙現象，如果在製（zhì）作藥丸的藥料（liào）是放入的藥粉過粗；對丸子（zǐ）外觀（guān）要求較高的，可放（fàng）入足夠的蜂（fēng）蠟，也就是潤滑劑。製（zhì）作的藥料中（zhōng）含有（yǒu）礦物質、貝（bèi）殼類的藥物，並且是過量了，那麽一樣會導致藥丸子表麵粗糙。
在拌料時注意所舔（tiǎn）加水（蜂蜜）量，水量過多製出藥丸過稀容易變形（xíng），水（蜂蜜）量過少藥丸沒有粘性，所以加水量也取決製作出的藥丸是否美觀。具體操作方法如下：
1.將藥物曬（shài）幹後，粉（fěn）碎（suì）加工成粉（fěn）末，細度為80-100目。熟地等藥物，可采用（yòng）絞肉機絞擠（jǐ）方法，反複多次即可達到泥槳狀物料。
2.藥（yào）粉、蜂蜜、少量的糊（hú）精（藥麵與蜂蜜（mì）的（de）比例為10∶1），攪拌成麵團狀。值得注意的是，藥粉攪（jiǎo）拌的粘（zhān）性要適（shì）中，不能太軟或太硬，要攪拌得均勻不粘手。
3.糊精必須加水熬成糊狀，熬（áo）製時必須用勺子不停的攪拌。
4.使用過程（chéng）中嚴禁在出丸（wán）軸上（shàng）加食用油，否則藥丸粘刀不容易脫落。
